HLA-антигены класса II кодируются генами локусов DR, DP, DQ. Они располагаются в основном на мембранах иммунных клеток. Гены этого класса контролируют силу иммунного ответа. Сходство супругов по HLA-антигенам является причиной иммунной формы бесплодия и невынашивания беременности
